Kesultanan Yogyakarta telah ada lebih dahulu sebelum NKRI berdiri. Setelah proklamasi, Sultan HB IX dan Paku Alam VIII mengeluarkan dekret yang dikenal dengan nama Amanat 5 September 1945. Amanat itu menyatakan penggabungan diri Kesultanan Yogyakarta dan Kadipaten Pakualaman ke dalam NKRI dengan status daerah istimewa yang memiliki kekuasaan penuh untuk mengatur wilayahnya.
Amanat itu pun dijawab oleh Presiden Soekarno dengan menyerahkan Piagam Kedudukan kepada Hamengkubuwono IX dan Paku Alam VIII sebagai tanda persetujuannya pada 6 September 1945. Hal itu juga tercantum dalam Pasal 18 UUD 1945. Namun, dalam Sidang Kabinet RI pada November 2010, Presiden SBY menyatakan bahwa Indonesia adalah negara hukum dan negara demokrasi. Oleh karena itu, di Indonesia, tidak boleh ada absolut monarki karena dapat bertabrakan dengan konstitusi dan nilai-nilai demokrasi.
Tentunya, pernyataaan SBY ini menuai banyak kontroversi. Silang pendapat antara Presiden SBY dan Sri Sultan HB X terkait dengan pembahasan RUU Keistimewaan Daerah Istimewa Yogyakarta pun terjadi berlarut-larut.